En materia de ordenamiento territorial, Colombia tiene enormes retos por delante derivados de dos décadas de implementación de la ley 388/97, del fracaso de la LOOT (Ley 1454/11), pero también de las nuevas realidades políticas, sociales y económicas, nacionales y globales, de un mundo en contante transformación cada vez más frágil e inestable. Veamos:
Los acuerdos de paz de La Habana introdujeron la perspectiva territorial para lograr que fueran estables y duraderos. Esto implica el reto de hacer un ordenamiento territorial en esas zonas liminales donde la presencia del Estado ha sido extremadamente débil para resolver los conflictos sobre la propiedad de la tierra, sobre los Ecosistemas Estratégicos, la vocación agrícola, su relación con los cultivos de uso ilícito y la expansión urbana sin planeación. 
El Cambio Climático como fenómeno global, causado por la voracidad de la economía de libre mercado, tiene repercusiones dramáticas a nivel local en materia de desastres y en torno a la disponibilidad de agua para consumo humano. Si no se toman medidas urgentes para mitigar sus efectos, desaparecerá literalmente una gran parte de los asentamientos humanos localizados sobre los ríos y los suelos inestables.
Ya es hora de que el ordenamiento territorial reconozca todo el territorio nacional, especialmente, los mares y el aire, históricamente olvidados; o el subsuelo, cuyos vacíos normativos están provocando numerosos conflictos ambientales y sociales. El reto es garantizar el dominio público de estas riquezas, su carácter inalienable e imprescriptible, y a renglón seguido, reglamentar su usufructo para garantizar en primer lugar la prevalencia del interés social y la función ecológica que le son inherentes.
El país está demandando repensar el concepto de Región, reconociendo sus potencialidades. Orlando Fals Borda, Ernesto Gulh y Augusto Ángel Maya, entre otros autores, demostraron suficientemente que los conflictos históricos nacionales han tenido en su base una contradicción entre naturaleza y cultura, lo cual tiene que ver con la ausencia de un instrumento intermedio entre municipio y nación, de alcance regional, para resolverlos. De ahí las presiones de la Costa Caribe, los antioqueños, la Ecorregión Cafetera, el Pacífico, el Magdalena Medio, el Nororiente colombiano, la región Momposina, o incluso la relación Bogotá-Región, entre otras, casi todas asociadas a grandes ecosistemas estratégicos, dinámicas socio-económicas e identidades subjetivas (percepciones, símbolos, imaginarios, etc.).
Nuevas conflictividades han aparecido por no haber avanzado en los Planes de Vida de las minorías étnicas con visión territorial que permita garantizar la protección del medio ambiente, las cuencas hidrográficas, el agua, los bosques, entre otros, y el respeto a los territorios ancestrales y sus visiones cosmogónicas.
Hay un proceso de desmonte del ordenamiento territorial como función pública que se debe parar. Se expresa en las posibilidades de expropiación del sector privado por razones ajenas al interés general, la falta de control público en la planeación y ejecución de los proyectos, ejercidos por curadurías privadas; la ausencia de reglamentación para aplicar los instrumentos de financiación y gestión. Se requiere, por tanto, reestructurar el sistema de planeación-gestión-control para fortalecer el aparato estatal en sus diferentes niveles, orientado a cumplir los principios derivados de la función pública del urbanismo, la función social y ecológica de la propiedad y el reparto equitativo de cargas y beneficios, a fin de poder garantizar una relación armoniosa con el sector privado.
Un ordenamiento territorial exitoso depende de alcanzar dos grandes reformas aplazadas en el país: la reforma urbana y agraria. En lo rural, el reto es lograr la seguridad alimentaria en las regiones, garantizando el acceso a la tierra a la mayor cantidad de productores rurales, sin monopolios; adicional a ello, el acceso a los insumos agrícolas a costos razonables. En lo urbano, la clave está en garantizar la disposición de suelos urbanos a bajo costo para dotar de vivienda y equipamientos públicos a los más pobres de la ciudad. Por tanto, deben desarrollarse mecanismos de control del precio de la tierra urbana y rural, cuando se trate de cumplir estos propósitos. 
Es necesario fortalecer los procesos de organización y participación ciudadana desestimulando la politiquería y el clientelismo en el ordenamiento territorial, fuente de los graves problemas de corrupción que se están viendo en el país.