El creciente interés de nuestros productores por ingresar al mercado de cafés especiales conlleva este interrogante: ¿Cómo diferenciarnos? Aunque no existe una fórmula para producir café especial, sí hay un factor al que debemos prestar especial interés, la fermentación. 
En productos agroindustriales de alta calidad, la fermentación es el secreto mejor guardado. No existen vinos, quesos, jamones, yogures, cervezas o chocolates sofisticados, donde no haya de por medio un técnico y cuidadoso proceso de fermentación. Nuestra tradición cafetera, por años, utilizó la fermentación natural como mecanismo para remover la capa de mucílago del grano compuesta primordialmente por azúcares. Nuestras prácticas culturales durante 70 años, hasta finales del siglo pasado, nos dieron reconocimiento y primas de calidad; en la medida en que dejamos de implementarlas, migrando hacia la producción de commodities, perdimos diferenciación, en consecuencia cada día la prima de calidad del café colombiano se reduce. Tomamos la decisión institucional de satisfacer mercados convencionales y dejamos de atender nichos de especialidad que valoran las experiencias sensoriales distintivas y complejas. En la fermentación natural, donde la descomposición microbiológica del mucílago es mediada por microorganismos (levaduras, hongos y bacterias), los carbohidratos se metabolizan y degradan produciendo alcoholes y ácidos orgánicos que modulan el perfil sensorial de cada café. 
Los tanques y los canales de correteo fueron reemplazados por desmucilaginadores que remueven mecánicamente por fricción la capa de azúcares del grano. El resultado, con contadas excepciones, ha sido una taza limpia, sin defectos, pero de perfil plano que no puntúa muy alto en la escala SCAA (Specialty Coffe Asociation of América) muy característico del café de Colombia. Como consecuencia de lo anterior, producimos una materia prima genérica, buena para que los tostadores de café de grado comercial utilicen en mezclas, en resumen perdimos identidad. Lo grave de este fenómeno fue que "commoditizamos" nuestro producto, para venderlo a precio de bolsa, pero nos quedamos con los costos altos derivados de una actividad de laderas completamente dependiente de la mano de obra. 
Si podemos conocer y controlar las reacciones de fermentación, podremos modular y perfilar la impresión sensorial de cada café. La cantidad de azúcar en cada grano es el punto de partida de la reacción bioquímica, la dulzura (grados Brix) del mucílago está ligado a la escala de maduración en el momento de la recolección, granos inmaduros o verdes no tienen la suficiente cantidad de carbohidratos afectando el perfil de taza con astringencia. 
En algunas fincas de cafés de especialidad se vienen haciendo ensayos de cromatografía y espectofotometría para descubrir los microorganismos presentes en las diferentes fases de fermentación y la concentración de componentes responsables del perfil de sabor. Lo que ha sido un proceso artesanal y cultural, hay que medirlo, controlarlo y tecnificarlo para obtener consistentemente un producto con identidad, alta calidad y perfiles exóticos de sabor que son los que dan valor al producto.
En los últimos años, Cenicafé ha retomado técnicamente los procesos de fermentación, ha diseñado un dispositivo llamado fermaestro que indica en qué momento se ha completado la reacción. Por otro lado han diseñado un tanque cónico de fermentación sin agua llamado Ecomil, que permite procesos controlados. Nuestros datos de laboratorio al respecto, sugieren mayor validación para cumplir con los requisitos de mercados de alta calidad. Esperamos que la investigación biotecnológica indague acerca de la incorporación de microorganismos, enzimas, catalizadores y/o condiciones ambientales controladas para llegar al café complejo que buscan los mercados.
Los compradores de café de alta calidad, no piensan en que un café no sea fermentado, el proceso es inherente a la generación de valor, tendremos que replantear la tradición con conocimiento, innovación y tecnología.