Contrario a lo que pudiera pensarse, la tarea crucial de la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) se relaciona con la legitimación, tanto de sí misma como del proceso de paz. Los principales cuestionamientos del Acuerdo celebrado entre el Gobierno Nacional y las Farc-ep que estuvieron relacionados con algunos de los temas puestos a consideración de la JEP, así como de su funcionamiento, han sido superados en el Acto Legislativo 01 de 2017:
La JEP, de acuerdo con dicho texto normativo, no sustituirá la jurisdicción ordinaria ni revisará los fallos de la Corte Suprema de Justicia, contará con la eventual participación de la Procuraduría en los procesos que adelante, en los cuales se respetará el debido proceso, sus integrantes tendrán controles disciplinarios y penales, y además estarán sometidos al régimen legal de impedimentos y recusaciones, sus fallos no podrán caprichosamente dejar sin efectos los proferidos por la justicia ordinaria, y las posibles vías de hecho en que incurra serán susceptibles de ser corregidas mediante la acción de tutela. Así mismo, quedaron atrás las prevenciones relacionadas con los delitos continuados y con los cometidos con posterioridad a la entrega de las armas. La responsabilidad de los miembros de la fuerza pública por delitos perpetrados por subalternos no se presumirá, tema al cual se le dio una solución que si bien pudo no dejar satisfechos a todos, buscó la protección de los militares en esa justa pretensión según la cual no se puede tratar de manera benigna a los guerrilleros mientras ellos purgan largas condenas por delitos relacionados directa o indirectamente con el conflicto.
La interpretación de estos temas debe ser manejada por los integrantes de la JEP con toda la sabiduría, ecuanimidad y prudencia propias de la justicia transicional, ya que tienen la difícil misión de adoptar decisiones que satisfagan las expectativas de la sociedad, de todos los actores del conflicto y sobre todo los derechos de las víctimas, mediante las cuales impongan sanciones que contribuyan con la consolidación de la paz, con funciones principalmente restaurativas y reparadoras. 
Los objetivos que están en la tarea de la justicia transicional se aprecian en el alcance de dos de los elementos empíricos del Estado: la exclusividad de la fuerza y el logro de la unidad nacional. El silencio de los fusiles depende del cumplimiento general del Acuerdo, en especial de la reintegración de los guerrilleros a la vida civil; pero en la unidad como nación mucho tendrá que ver la actividad de la JEP, ya que con su ayuda podemos avanzar a nuestra identificación como un Estado viable, pujante, pacífico y orgulloso de su presente y de su futuro.
Aunque hasta ahora la realidad muestra que las Farc están cumpliendo con sus compromisos, y que el Estado no ha logrado llegar con la velocidad requerida a los espacios que liberaron, sin duda el primer balance del Acuerdo y de la JEP se realizará en las elecciones del 2018, en las que inevitablemente serán minuciosamente escrutados, de suerte que buena parte de la agenda electoral estará motivada por su desenvolvimiento. 
En todo caso es previsible que una vez se integre la JEP, así como la “Comisión para el Esclarecimiento de la Verdad, Convivencia y la No Repetición” y la “Unidad de Búsqueda de Personas Desaparecidas en el Contexto y en Razón del Conflicto Armado”, sean percibidas como la parte tangible del Acuerdo, y que, en consecuencia, deban soportar los embates de la desconfianza de los que no creen en él, y de la malquerencia de los que se benefician de la guerra y por tanto no quieren su fin.