El Río Grande de La Magdalena, llamado Yuma, Kariguaña o Guaca Hayo por los indígenas según el lugar, fue descubierto por Rodrigo de Bastidas en 1501, cuando acompañado de Juan de la Cosa como piloto conocedor de esos derroteros, penetraron su desembocadura. Por allí, entraron además de piraguas caribes, los bergantines y carabelas de españoles en busca de abastecimiento y lugares para asentarse y proclamar dominio. En 1552 el Rey Carlos I ordenó a los gobiernos y justicias de Cartagena y Santa Marta organizar la navegación por el río, permitiéndole a los nativos bogar libremente en sus canoas y pagarles lo que estipulen por los transportes que efectuaran. En 1559 se licitó el primer contrato de navegación, y en 1560 se construyeron los bongos o champanes que van a navegar en forma regular hacia 1564.
Desde la segunda mitad del siglo XVI, apoyados en una red de ciudades que habían creado los conquistadores españoles y declarada Santafé sede de la Real Audiencia en 1550, comestibles, enseres y viajeros que llegaban Cartagena y Santa Marta con destino a Santafé, recurrieron al río que, con una extensión de más doscientas leguas, los conectaba con la capital del Nuevo Reino de Granada. Los encomenderos de Mompox, Tenerife y Tamalameque, se beneficiaron con la navegación hacia el interior, así como de otras actividades como la pesca y cacería del manatí, al crear el sistema de la boga tras la utilización de aborígenes del Bajo Magdalena, reclutados dos veces al año como forma de pagar tributo, pese a que dadas las precarias condiciones laborales y sanitarias pocos sobrevivían para retornar a sus hogares.
A finales del siglo XVI e inicios del XVII, cuando ya era notoria la disminución de la población indígena, se empezó a introducir la mano de obra esclava con afrodescendientes para el servicio del transporte en estas embarcaciones de 13 y 20 metros de eslora y hasta 2.25 metros de manga. Si en 1598 la boga indígena oficialmente llegó a su fin, entre 1568 y 1570 el número de champanes autorizados osciló entre 328 y 137. Para navegar contra la corriente con una carga de 12 a 14 toneladas el champán transitaba cerca a la orilla, para que 10 a 12 bogas que utilizaban pértigas o palancas empujaran haciendo fuerza contra el fondo del cauce y los barrancos, al tiempo que uno de ellos preparaba la comida que se servía en totuma con cuchara de palo a los viajeros, quienes también se cubrían con una pequeña tela para protegerse de los mosquitos y aprovechaban el arribo a varios poblados para descansar.
Una de las estaciones más importantes en la ruta por su abasto agrícola, aunque aún no dotada de magníficos edificios, era Santa Cruz de Mompox, precioso poblado fundado en 1540 a 248 kilómetros de Cartagena de Indias, y ubicado sobre la margen occidental de uno de los dos brazos del Magdalena que conforman la Isla Margarita en la Depresión Momposina.  Finalmente, en 288 años contados desde la expedición de Quesada en 1536 hasta 1824 en que surcó el primer vapor, fue gracias a los champanes que se surtieron las principales provincias del país, tras un incómodo recorrido de tres meses por el Magdalena en un viaje, primero hasta los caminos del Opón, Carare y Río Negro, y finalmente hasta Honda desde donde continuaba el itinerario en bestias de carga hasta Santafé, transitando el Camino Real o Camino Nacional.
En la navegación por el río, al pasar de las canoas y champanes a los vapores, y de estos a los convoyes integrados por un remolcador tirando barcazas como medios de transporte, son varios los puertos fluviales que han alcanzado importancia de acuerdo con la época, y variado el tipo de carga y productos que han utilizado la hidrovía, entre ellos café, carbón y petróleo. Así entonces, dado que la navegación por el río Magdalena desde el virreinato, y posteriormente desde la creación de la república hasta nuestros días, se ha dado de forma ininterrumpida, pese a dificultades: primero por los rápidos en el Salto de Honda, y en los últimos setenta años con la sedimentación y las variaciones de caudales, podríamos afirmar que “El Magdalena es Colombia”.