La integración del Chocó al sistema económico de la Nueva Granada fue tardía, dos hechos marcaron su incorporación: la pacificación de los indios, la apertura de la frontera minera. De hecho, la apertura de la frontera minera del Chocó, abrió uno de los ciclos más importantes en la economía colonial en la segunda mitad del siglo XVII. Expansión minera que no solo dinamizó la economía colonial e incrementó la riqueza del virreinato, sino el comercio y el desarrollo de ciudades como Bogotá, Cartagena, Santa Fe de Antioquia, Popayán, Cali y Cartago.

Porque los beneficiarios de aquel auge minero, además de la Corona y sus funcionarios corruptos, fueron los terratenientes, los comerciantes y los propietarios de minas que vivían en aquellas ciudades. Bonanza minera que desató una lucha de poderes entre las gobernaciones de Cartagena, Antioquia y Popayán por el dominio del Chocó, pero como sucede ahora por la corrupción y la ausencia de controles fiscales la participación de la Corona fue poca y los grandes beneficiados de ese auge fueron los mineros.

El Chocó se convirtió en un centro de disputas políticas, económicas y eclesiásticas entre estas tres gobernaciones, las cuales incidieron profundamente en su atraso. Porque, tanto las gobernaciones como las órdenes religiosas de los franciscanos, los dominicos y los jesuitas se peleaban por igual el dominio jurisdiccional, control de las minas, el comercio, los tributos y la evangelización de los indios.

Los pleitos y los intereses de los poderes políticos y eclesiásticos de estas tres regiones, crearon constantes conflictos que hicieron difícil la administración del Chocó, conflictos que frenaron de manera determinante el desarrollo del Chocó.

En el Chocó se vivía en una especie de torre de babel, Cartagena y Santa Fe de Antioquia se disputaban el control del Darién y la provincia de Citará (Quibdó) y Popayán la provincia de Nóvita y lo mismo hacían las órdenes religiosas.

En esas disputas los payaneses lograron que la Corona prohibiera el comercio y la navegación por el Atrato y que se condenaran con la pena de muerte a los comerciantes que violaran dicha medida. En retaliación los antioqueños consiguieron que la Corona también cerrara el comercio y la navegación por el río San Juan y la costa Pacífica chocoana para evitar el tráfico ilícito de oro y el contrabando desde Panamá.

El cierre de las navegaciones por los dos ríos más importante de la región hizo más fuerte la dependencia del Chocó de Santa Fe de Antioquia y Popayán. Por varias décadas las únicas vías de penetración al Chocó, fueron los caminos: Santa Fe de Antioquia-Urrao-Bebará-Atrato y el camino Nóvita-Cartago-Popayán.

Desde Santa Fe de Antioquia y Popayán no solo se controló la administración territorial, el comercio y los cobros de los tributos, sino que en estas ciudades fue donde finalmente los mineros beneficiarios de aquella bonanza aurífera chocoana invirtieron las fortunas que acumularon en las explotaciones del oro del Chocó.

La apertura de la navegación por el Atrato y el San Juan, después de varios decenios de cierre y, en especial la reanudación del comercio, entre Cartagena, Jamaica y el Chocó fueron trascendentales para el crecimiento de Quibdó como centro urbano. El fin de la dominación española y la liberación de los esclavos marcó un nuevo rumbo para el Chocó. Porque generó el declive de Nóvita como gran centro minero y de poder regional y permitió el crecimiento de Quibdó como gran centro regional y eso significó una nueva dinámica en materia económica y de desarrollo.

La lucha por el control del oro y el cierre del tráfico por las dos arterias fluviales más importantes, auspiciado desde Antioquia y Popayán fue uno de los hechos más nefastos para el desarrollo chocoano, que demuestra cómo Antioquia y el Cauca subdesarrollaron al Chocó. Además esta es una síntesis del primer saqueo del oro del Chocó, luego siguió el de la compañía Chocó Pacífico y ahora se vive otro aberrante pillaje.