Manizales, ciudad educada, ciudad universitaria, han sido algunos de los slogans que se han utilizado para resaltar la característica de ciudad donde la vida universitaria tiene un polo de concentración muy interesante. El corazón del conocimiento está en los grupos de investigación que son comunidades académicas alrededor de un tema concreto, o problemática. Pues bien, la clasificación nacional de los grupos de investigación fue dada por Colciencias, allí Manizales aparece con 14 grupos A1 (el máximo) y 22 A. Es decir, la región tiene 36 grupos de alto rendimiento.
Los grupos que aparecen en A1 son 14, que se encuentran concentrados en tecnología e ingeniería la mitad. Y en segundo lugar los del área de Ciencias Agrícolas que tiene 4 grupos, Ciencias Sociales 2 grupos y uno de Ciencias Naturales. Este tipo de grupos de investigación son reconocidos como de excelencia por su producción intelectual y están radicados en universidades o centros de investigación. Estos grupos son un activo de la región para ponerlos a dialogar con las necesidades de la región, para que ayuden a las empresas a resolver problemas que tengan, para idear diversos tipos de nuevas respuestas a los problemas en el área de conocimiento. La llamada a estos investigadores es a que intensifiquen la comunicación con el sector privado, que haya puentes de diálogo entre la academia y las empresas.
De otra parte, al igual que todo el país, el nivel de producción académica está baja. Los índices nos colocan en términos de producción intelectual por debajo de Chile, Brasil, y aún Perú en algunos temas. Aquí hay un llamado muy grande a que se produzca menos, pero de mayor calidad. Un solo dato muestra nuestro raquitismo académico: Brasil aporta el 2.5% de la producción científica internacional, mientras que Colombia solo aporta el 0.2%. Hay, pues, un abismo! Tenemos que trabajarle a la calidad que actualmente se mide por los niveles de citación internacional de las publicaciones indexadas. Colciencias está diseñando una nueva política para apoyar la visibilidad de la producción colombiana y para cualificarla. Lo que seguramente permitirá cambios positivos. 
Los ejes fundamentales de tal política: ayudar a la inserción de los investigadores nacionales en las redes internacionales, tanto en términos de movilidad como en lo que tiene que ver con el Inglés para la publicación de artículos. De otra parte, se reforzarán las condiciones de calidad para las revistas indexadas, buscando una mayor calidad en su gestión, infraestructura tecnológica al servicio de las mismas y a que haya una verdadera comunidad académica alrededor de cada una. Así, pues, se espera mejorar la incorporación de las revistas en los índices internacionales. Un dato también nos deja ver la penuria actual que tenemos: de 542 revistas indexadas en Publindex, solo el 14% están en índices internacionales de alto impacto. 
Seguramente, la relación de los grupos de investigación con la empresa los potenciará en pertinencia, y si ello se da es seguro que la empresa privada tomará conciencia de la inversión en investigación. Este es uno de los problemas más grandes que hay en el país, la poca o inexistente conciencia de los empresarios de la necesidad de invertir en la generación de conocimiento.