En el último año se ha cuestionado, desde ciertos sectores, la necesidad de que los niños tengan educación sexual desde la escuela primaria, el mandato de la Corte Constitucional al Ministerio de Educación de revisar los Manuales de Convivencia de los colegios para determinar que estos sean respetuosos de la identidad de género y de la orientación sexual de los estudiantes y, por último, una cartilla del Ministerio de Educación que, cumpliendo con lo ordenado por la Corte, buscaba disminuir el matoneo y la discriminación contra niños y jóvenes con identidades y orientaciones sexuales diversas.
En este debate, algunos sectores han insinuado que detrás de estas medidas hay una ideología de género que se quiere imponer y enseñar a niños y jóvenes. Esta idea desconoce que el sexo, la identidad de género y la orientación sexual responden a variables biológicas, que no son construcciones humanas teóricas -ideología- y que, por lo tanto, no pueden enseñarse, modificarse o controlarse por medio de la instrucción.
Distinto de la ideología, la perspectiva de género es una herramienta metodológica que permite entender cómo se relacionan los seres humanos a partir de lo femenino y lo masculino. Desde esta mirada se puede determinar que se nace con sexo biológico: femenino, masculino o intersexual, pero adicionalmente existe una construcción cultural y legal sobre el comportamiento social de hombres y mujeres a lo que se le denomina rol de género. Por su parte, la identidad de género es la manera como cada quien se siente frente a la masculinidad y la feminidad, la expresión de género es la forma como se manifiesta esa identidad y la orientación sexual hace referencia a la atracción física, emocional, erótica y afectiva hacia otras personas. Es común que en los humanos estas categorías no coincidan siempre en lo femenino y lo masculino. 
Como parte de esta controversia, los médicos residentes y docentes de la especialización en Sexología Clínica de la Universidad de Caldas se manifestaron al respecto en este sentido: “pese a que el rol de género (que es diferente de la identidad de género con la cual no siempre coincide) puede ser moldeado culturalmente, la orientación sexual y la identidad de género, tienen un fuerte sustrato biológico que hace que una persona, haga lo que se haga, no pueda ser cambiada o construida a voluntad pues quedan fijados irreversiblemente por improntas en circuitos cerebrales. Es decir, hay muchas evidencias científicas que demuestran que nadie puede tomarse la libertad (si esto es lo que genera preocupación), de construir por tradición, imposición o coerción, su identidad de género y orientación sexual como si se puede hacer en el rol de género. Está fuera del control humano, la capacidad de escoger si los niños quieren o no sentirse hombres, si las niñas quieren o no sentirse mujeres, así como tampoco se puede preferir a voluntad el gusto por el establecimiento de relaciones erótico-afectivas por uno u otro sexo, pues sencillamente esto hace parte de los procesos biológicos ajenos a la voluntad.”
Con este contexto, lo que resulta sano entonces, es que los niños y los jóvenes reciban una educación sexual adecuada y que gocen de un marco normativo que los prevenga de agresiones físicas y emocionales en torno a su sexualidad. Así como se les enseña sobre la germinación de las plantas, el universo y la selección natural de las especies, los niños y los jóvenes tienen derecho a una educación sexual completa que no esté mediada por ideologías políticas o religiosas y que les permita tener una sexualidad más sana, mejor edificada, con menos tabúes y más posibilidades, así como unas relaciones sociales más dignas, respetuosas y menos violentas.